Aplicación de métodos epidemiológicos y filogenéticos en el estudio del virus del dengue en el ecuador: 2009-2014
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ESPOL
Resumen
A retrospective analysis of dengue infections and a phylogenetic analysis of the virus were conducted using strains isolated from clinical samples in Ecuador. The study aimed to associate the presence of circulating genotypes for each serotype with reported epidemiological cases, employing Bayesian methods of molecular evolution, as well as inferential and descriptive statistics. Climatic factors and risk groups were also taken into account. For the epidemiological component, data were compiled from the databases of the Ministry of Public Health (MSP) and the National Institute of Hygiene and Tropical Medicine "Leopoldo Izquieta Pérez" (INHAMI) to record the number of dengue cases by province, along with data on mean temperature and annual precipitation. Using Statgraphics Centurion software, an analysis of variance and correlation was performed between climatic factors and annual reported dengue cases; of these, only temperature was found to be statistically significant. The phylogenetic analysis of the dengue virus, based on strains from Ecuador (2009–2014), indicates that one genotype per serotype has been in circulation. The American/African genotype of DENV-1 exhibited the greatest genetic variation and was most closely associated with epidemiological outbreaks (in 2009, 2010, and 2012) recorded in several provinces (Esmeraldas, Los Ríos, and Orellana), where apparent new sublineages have emerged. A strain of the American/Asian genotype of DENV-2, isolated in Manta, appears to be linked to a major outbreak of both classic and hemorrhagic dengue—the largest ever reported in the country, occurring in 2012—as it diverges from other strains isolated in Ecuador. Regarding DENV-3, the Ecuadorian strains clustered within the genotype III clade and were not linked to any epidemiological outbreaks during the study period. DENV-4 genotype II has not been reported in connection with fatal dengue cases in Latin America; however, in Ecuador, this genotype circulated before, during, and after an epidemiological outbreak.
Descripción
Se realizó un análisis retrospectivo de las infecciones del dengue y un análisis de
filogenia del virus con cepas aisladas de muestras clínicas en Ecuador. El objetivo del
estudio fue asociar la presencia de los genotipos circulantes de cada serotipo con los
casos epidemiológicos reportados, mediante métodos bayesianos de evolución
molecular y de estadística inferencial y descriptiva. Se consideraron también factores
climáticos y grupos de riesgo. Para la parte epidemiológica se realizó una recopilación
de las bases de datos del MSP y del INHAMI con el fin de registrar los datos de
número de casos de dengue por provincias y los datos de temperatura media y
precipitaciones anuales. Se realizó mediante el software statgraphics Centurion un
análisis de varianza y correlación entre los factores climáticos y los casos reportados
de dengue anualmente donde sólo la temperatura reEl análisis filogenético del virus del dengue realizado con cepas de Ecuador (2009-
2014) muestra que ha circulado un genotipo por cada serotipo.sultó estadísticamente
significativa. Siendo el genotipo
Americano/Africano del Denv-1 el de mayor variación genética y el más relacionados
con los brotes epidemiológicos (2009,2010 y 2012) registrado en varios provincias
(Esmeraldas, Los Ríos y Orellana) de donde surgen aparentes nuevos sublinajes.
Una cepa aislada en Manta del genotipo Americano/Asiático del Denv-2, se muestra
una posible relación con un gran brote de dengue clásico y hemorrágico jamás
reportado en el país, dado en el 2012, ya que diverge del resto de cepas aisladas en
Ecuador. Para el caso del DENV-3 las cepas de Ecuador se alinearon dentro del clado
del genotipo III y no se vincula con brotes epidemiológicos en nuestro periodo de
estudio. El genotipo II del DENV-4 no ha sido reportado con relación a casos fatales
del dengue en Latinoamérica, sin embargo, en el Ecuador, este genotipo circulo antes,
durante y después de un brote epidemiológico.
Citación
Amaya Montesdeoca, L.; Rivas Medrano, S. (2018). Aplicación de métodos epidemiológicos y filogenéticos en el estudio del virus del dengue en el ecuador: 2009-2014. [Proyecto Integrador, Escuela Superior Politécnica del Litoral]. Repositorio Institucional ESPOL. dspace.espol.edu.ec