El aeropuerto José Joaquín de Olmedo de Guayaquil es el segundo aeropuerto con más tráfico aéreo regular nacional en Ecuador. En él se llevan a cabo siete rutas domésticas: Quito, Galápagos (Baltra y San Cristóbal) y Rutas Menores (Cuenca, Loja, Esmeraldas y Latacunga), se transportan anualmente alrededor de 2.000.000 de pasajeros en 20.000 vuelos. El objetivo de esta investigación es estimar las emisiones de CO2 a la atmosfera y la Huella de Carbono (HdeC) generadas por las rutas aéreas del aeropuerto de Guayaquil en 2014 y 2015. La metodología utilizada es recomendada por el Panel Intergubernamental sobre el Cambio Climático (IPCC) y la Organización Internacional Civil de Aviación (ICAO). Se aplicó el Nivel 3 de la metodología por disponer de la información necesaria de los vuelos. Las estimaciones de CO2 y HdeC obtenidas en 2014 y 2015 son similares. El total de emisiones de CO2 generadas por el tráfico aéreo de Guayaquil en 2014 fue 241.676.199 kg de CO2 y de 222.802.543 kg de CO2 en 2015. Estos valores representan el 40% de las emisiones nacionales del transporte aéreo para el 2010 y el 0,69% de las emisiones del sector Energético. En 2014, la ruta aérea Quito transportó el mayor número de pasajeros: 1.657.447 en 13.799 vuelos; y emitió 164.479.360 kg de CO2 con una HdeC por pasajero de 99,24 kg. La ruta que género mayor HdeC por pasajeros fue Galápagos con 224,78 kg; y generó 70.020.163 kg de CO2 a la alta troposfera. Las Rutas Menores emitieron 7.176.676 kg de CO2 con una HdeC de 49,21 kg por pasajero. La distribución de las emisiones totales de CO2 en las rutas en 2014 fueron: Quito 68%, 29% Galápagos y 3% Rutas Menores. Las emisiones de CO2 y HdeC obtenidas al aplicar el Nivel 3 del IPCC son similares a las obtenidas con la calculadora del ICAO; las diferencias son menores a 0,5%.