Las malas prácticas durante la actividad agrícola ocasionan que se acumule nutrientes en la superficie del agua, generando floraciones de algas nocivas causadas por cianobacterias. Esto afecta gravemente a la salud de las comunidades cercanas a cuerpos de agua dulce. Las cianobacterias que más producen floraciones de algas nocivas son las del género Microcystis, estas producen una hepatotoxina conocida como microcistina, las cuales son degradadas por la enzima microcistinasa (mlr). En base a esto, es posible diseñar un biosensor que detecte la presencia de microcistina en muestras de agua mediante la expresión de genes reporteros. Para esto se realizó alineamientos múltiples de secuencias (MSA) de los segmentos de ADN de la enzima microcistinasa, y a su vez el modelamiento de proteínas del gen mlrA de la misma, para el posterior diseño de primers en Benchling. Por lo que, se pudo concluir que el gen mlrA de la microcistinasa es capaz de ser inducido por la microcistina, además de que los primers diseñados poseen regiones altamente conservadas. Palabras Clave: Cianobacterias, Floraciones, Microcistina, Microcistinasa, Biosensor.