El objetivo de este proyecto de investigación fue comparar la papaína cruda obtenida de diferentes variedades de papaya cultivadas en el Ecuador con el fin de proponer la mejor materia prima para su extracción a nivel comercial. Para lo cual, se caracterizó y determinó el rendimiento del látex obtenido de las variedades de Carica papaya L. Maradol, Criolla y Golden. Se encontró diferencias en el rendimiento del látex en cuanto a variedad de papaya, siendo el látex de la variedad Criolla el de mayor rendimiento, mientras que la variedad Golden presentó valores muy bajos, por lo que se sugiere que no es factible realizar la extracción de látex en esta variedad. Se procedió a hacer un diseño experimental con el fin de sustituir el bisulfito de sodio, mediante la adición de cisteína y benzoato de sodio, obteniendo como resultado que sí es posible realizar esta sustitución.