La exportación camaronera representa grandes ingresos económicos en el Ecuador, sin embargo, se ha visto afectada por la detección de microorganismo como el Vibrio en producto exportado hacia puertos de la Unión Europea, causando la destrucción total de toneladas de producto y grandes pérdidas económicas para el país. De tal forma, el objetivo del presente trabajo es evaluar la eficacia de tratamientos con ácidos orgánicos para la reducción de la población de Vibrio en piscinas camaroneras, por medio de pruebas microbiológicas y de biología molecular. Se evaluó la efectividad los ácidos orgánicos frente al crecimiento poblacional de Vibrio en muestras de agua de piscinas camaroneras y el efecto de la temperatura a 25°C y 35°C, mediante la técnica de conteo en placa en agar TCBS y verificación mediante PCR. Se obtuvo el porcentaje de efectividad, de 27, 26 y 21% para el ácido fórmico, láctico y cítrico, respectivamente, concluyendo que el ácido fórmico es el más efectivo, que la temperatura posee un efecto en los tratamientos al reducir su efectividad a valores más elevados, y por último que el ácido que representa una mejor opción es el ácido láctico en base a su efectividad y viabilidad economía de aplicación